《长江保护法》作为综合性流域法的立法定位,以及协调长江流域内多元利益的现实需要,决定了健全长江流域管理体制是《长江保护法》的立法重点。基于政策文件与水事法律的规定,结合政府机构改革、环境监管体制改革、流域管理机构改革的成果,适当借鉴国外流域管理体制运作的成功经验,分析了健全流域管理体制的基本原则,指出《长江保护法》需要明确规定流域管理体制的基本模式,健全长江流域行政管理部门的职能配置,改革现有流域管理机构,以逐步实现流域综合管理。