长江大保护是国家生态文明建设的重要组成部分,建立流域生态补偿制度是实施长江大保护重要机制。在总结流域生态补偿科学研究现状与实践的基础上,提出长江流域生态补偿中的关键科学问题和对策。分析表明:流域各地方及上下游之间的经济社会发展与生态环境保护时空关系及互馈机制、自然资源实物量和价值量动态核算与时空转换关系、市场化多元利益补偿模式等是建立长江流域生态补偿机制的关键科学问题。解决这些问题,不仅需要借鉴国外理论和方法,而且需要针对我国及长江流域自然资源禀赋及经济社会发展水平,将科学问题与管理问题结合,才能有效建立科学、合理的生态补偿机制,实现长江大保护和长江流域高质量发展。